کلونازپام با تقویت عملکرد یکی از مهمترین پیامرسانهای مهاری مغز به نام گاما آمینوبوتیریک اسید (GABA) عمل میکند. این ماده به آرامسازی فعالیتهای بیشازحد سلولهای عصبی کمک کرده و از انتقال سیگنالهای غیرطبیعی در مغز جلوگیری میکند. به همین دلیل، کلونازپام میتواند از بروز تشنجها پیشگیری کرده یا شدت آنها را کاهش دهد، و همچنین در کاهش اضطراب و حملات پانیک مؤثر باشد. این دارو در واقع با ایجاد تعادل در فعالیت سیستم عصبی، باعث احساس آرامش، کنترل حرکات غیرارادی و کاهش تحریکپذیری بیش از حد مغز میشود.